Ieri è stato pubblicato su MDPI – Animals un altro nostro articolo scientifico:
Genotipizzazione di due popolazioni di trote mediterranee nell’Italia centro-meridionale a fini conservativi utilizzando un vettore SNP Affymetrix 57K derivato dagli studi sulla trota iridea.
L’ibridazione introgressiva tra trote autoctone e aliene riduce l’idoneità della trota autoctona e crea sciami ibridi, con conseguente estinzione del genoma nativo. Recentemente, sono stati proposti diversi progetti di conservazione per ripristinare lo stato di integrità genetica della trota mediterranea autoctona. In questo studio, riportiamo il primo utilizzo dell’array SNP Affymetrix 57 K derivato dalla trota iridea nella ricerca sulle popolazioni di trote mediterranee italiane. I risultati forniscono informazioni sulle relazioni genetiche e sulla distribuzione spaziale di due popolazioni di trote che popolano i fiumi Volturno e Biferno (Italia centro-meridionale) e forniscono informazioni utili per l’identificazione di una struttura genetica a scala fine, nonché per la determinazione delle sottopopolazioni e loro habitat correlati. Questi dati sono fondamentali per intraprendere efficaci strategie di conservazione e gestione con l’obiettivo di preservare le trote autoctone e recuperare il patrimonio genetico autoctono in tali fiumi. Nel complesso, i nostri risultati supportano l’uso dell’array SNP derivato dalla trota iridea per identificare gli SNP che sono informativi in relazione al genoma della trota mediterranea.
La trota mediterranea è un pesce d’acqua dolce di particolare interesse con rilevanza economica per la gestione della pesca, l’acquacoltura e la biologia della conservazione. Sfortunatamente, l’abbondanza delle popolazioni di trote autoctone è significativamente minacciata da disturbi antropici. L’introduzione di ceppi commerciali di incubatoio per attività ricreative ha compromesso lo stato di integrità genetica delle popolazioni autoctone. Questo lavoro ha valutato su larga scala la struttura genetica della trota mediterranea nei due principali fiumi della regione Molise (Italia) per supportare le azioni di conservazione. In totale, 288 esemplari sono stati catturati in 28 siti diversi (14 per bacino) e genotipizzati utilizzando l’array SNP Affymetrix 57 K derivato dalla trota iridea. La differenziazione della popolazione è stata analizzata utilizzando l’FST pesato a coppie e la statistica F complessiva stimata mediante l’analisi locus-by-locus della varianza molecolare. Inoltre, un set di dati SNP è stato elaborato attraverso l’analisi delle coordinate principali, l’analisi discriminante dei componenti principali e l’analisi del clustering bayesiano di commistione.
In primo luogo, i nostri risultati hanno dimostrato che l’array SNP della trota iridea può essere utilizzato con successo per la genotipizzazione della trota mediterranea. Infatti, nonostante un numero schiacciante di loci che sono risultati monomorfici nelle nostre popolazioni, va sottolineato che il numero risultante di loci polimorfici (cioè ~ 900 SNP) è stato sufficiente per rivelare una struttura genetica su scala fine nelle popolazioni indagate, utile a sostenere azioni di conservazione e gestione. In particolare, i nostri risultati ci hanno permesso di selezionare siti candidati per la raccolta degli adulti, necessari per la produzione di trote giovani geneticamente pure, e siti per effettuare l’eradicazione della trota aliena e la successiva reintroduzione della trota autoctona.
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